Ëmɛn†Tënë tɔ̈u ëmɛɛn: OX11 0DE, UK, Ɣön ë Dhiëth, Pïŋ de Käke Nyïc ku Käke Luɔɔi, Dietcote, Oxfordshire, UK, Käke Tɔ̈ɔ̈u de Käke Pinynhom.
Kë yenë mac yök në ciɛɛl de 1 (RC-LH1) yenëka ye biäk de käm ye mac cam në mac yic. Wɔ cï käŋ kaa rou ke käke daai de kä thiik ke RC-LH1 bɛ̈i tënë käm ye cɔl Rhodomomonas. 2.65-Å ë thëm de RC-LH114-W anɔŋic käŋ kaa 14 ke LH1 cï RC gɔ̈lpiny, ye keek riɔ̈ɔ̈k në mïïth W, ku kä ril yiic cïn mïïth-W aye RC gɔ̈lpiny në RC. Clös 16 thän thän LH1 löp. Thɔ̈ɔ̈ŋ de kee käkë ee kɔc nyuɔ̈th tɛ̈n yenë quinone rot luɔɔi thïn në RC-LH1 yic, agut cï käjuëc cï röt ya waar wënthɛɛr të cenë quinone ya rek në ɣän ke RC QB yiic, ku jɔl ya ɣän tɔ̈në quinone thïn, man ye kek kuɔny bïk ya lɛɛr në RC yic. Tɛ̈n wääc de W protein ee thiɛ̈k de LH1 gël, ku ëya dɛ̈t ee dhöl yenë käŋ lac waar yiic cak.
Many ye bɛ̈n në kë ye cɔl photosynthesis alë bï pïïr ëbɛ̈n muk në pinynhom, ku ka nɔŋ riɛl dït apɛi tënë tëët akɔ̈l. Ke ye luɔɔi de pinynhom cɔk loi rot, ke käm ye cam në mac aye naŋ käjuëc ke riɛl ye kek looi ku jɔl ya käjuëc ye kek cam në mïïth yiic. Alëu bïk mïïth ya gël ku bïk cil ke ye käm ye cam në cool yic, ku ka lëu bïk aliir ku aliir ë pïu ya cɔ̈kpiny, ku bïk aliir ya cak, ku bïk käm ye cam në pïu yiic ya rac (1-3). Na wïc bï riɛl bɛ̈i tënë kee käkë, ke ɣɛɛr adhil lac ku lëu bï ya waar bï ya riɛl de kïïmkol. Yen ajuɛɛr kënë ee rot jɔɔk të cïnë antenna ye mac dɔm ɣɛɛr dɔm ku lɛɛr riɛl cï dɔm tënë tën yenë käŋ looi thïn (RC), ku jɔl ya tɛ̈ɛ̈k de käŋ jɔɔk (4 – 7). Kë yenë mac yök në käm yiic ee naŋ biäk de 2 cɔl RC, cï gɔ̈lpiny në kë ye mac yök në 1 (LH1), ye RC-LH1 looi. LH1 ee rot looi në αβ cï gɔ̈lpiny, ku töŋ de kek ee käm kaarou rek (BChl) ku jɔl ya tök ka rou ke käm (8-12). LH1 antenna thiin koor ee yic naŋ 16 ka 17 αβ heterodimers ye RC (9-13) gɔ̈lpiny në dhöl cï thiöök yic, ku në dhöl dɛ̈t peei yic, ke kä ye tɔ̈ në pïu yiic aye ŋoot ëke ye LH1 gɔ̈lpiny riɔ̈ɔ̈k, ku yenëka ye tɔ̈ në kaam de bRC1 yic. 13-15). Tiim ye cam në mac cɔl Rhodopseudomonas (Rps.) aye kä pïr lëu bïk riɛl ku jɔl ya tɛ̈n yenë mac cam thïn ya deetic apath. Kë tueŋ cï looi në Rps. Kë cï looi në RC-LH1 yic ee RC, cï gɔ̈lpiny në 15 ke LH1 wääc yiic, ye keek riɔ̈ɔ̈k në mïïth kuc ye cɔl “Mïïth W” (14). Mïïth-W acï bɛ̈n ya yök ke ye RPA4402, man ye ya kë cïï ŋic në 10.5kDa yic ku nɔŋ käŋ kaadiäk cï kek thɔ̈ɔ̈ŋ ke ye TMH (16). Acuk tak buk rin ke rpa4402 ye mïïth ke W tääu në pufW yic ya waar agokë ya thöŋ kenë rin yenëke RC-L, M (pufL, pufM) ku jɔl ya LH1α, β (pufA, pufB) ya gɔ̈t. Kë cie lac ŋic, ee mïïth-W ye tɔ̈ në 10% de RC-LH1 yic, ye Rps nyuɔɔth. palustris ee käŋ kaarou wääc yiic ke RC-LH1 bɛ̈i. Ëtënë, ɣok acï thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök, töŋ nɔŋ mïïth W ku 14 αβ ë thök, dɛ̈të acïn thök W ku 16 thök LH1 loop. Tɛ̈n ë tɔ̈u ɣok thïn ee tɔ̈u ke ye kën ë gɛ̈ɛ̈r de dhöl ë ŋiɛ̈c deetic de RC-LH1 ril yic de Rps. palustris, në kë cenë ɣok ciin de käjuëc wääc yiic ya caath ku nɔŋku käjuëc lëu bïk kek ya ŋic agonë ​​käjuëc wääc ya ŋic apath ku jɔl ya käjuëc thiääk kenë yen. Thɔ̈ɔ̈ŋ de kee käkë ee yen nyuɔɔth ke TMH proteins-W kaadiäk këc kek yök në RC-LH1 kɔ̈k yiic agut cï yemɛɛn aye dhöl de quinone cak ago quinone/quinolone ya lac waar. Käjuëc ke lipid ku quinone cï kek ya tɔ̈ɔ̈u acï kek ya yök, ku ɣok acï käjuëc yam cï röt waar ya nyuɔɔth të cenë quinone ku RC mat në tökic, man lëu bï ya piath tënë ajuiɛɛr de pïu II (PSII) RC de kä pïr ye cam në pïu yiic. Kä cukku kek yök aye wël yam bɛ̈i në tɛ̈n yenë käŋ röt rek thïn ku jɔl ya tɛ̈n yenë kek röt waar thïn në RC-LH1 yic në käm ye lac cam në pïu yiic.
Në kë bïnë kuɛ̈n de kä juëc ke käŋ kaa rou yök në Rps. ë RC-LH1 ë tök ë dhöl ë pïïr ë pïïr. Kä ye kek cam yiic (ye cɔl ΔpufW në yemɛɛn) acï kek bɛ̈n ya cɔ̈kpiny tënë kä cïn yiic pufW (16), ku yenëka ye RC-LH1 töŋ yenëka lëu bï ya looi. Protein W-nɔŋic käjuëc riliic aye kek looi në käjuëc yiic. Kä ye cam ke W ke ye akut kënë aye kek cɔ̈kpiny në 10x de His tag në C-terminus de yic, ago kä ye cam W-nɔŋic kä riliic ya määt apath kenë käjuäc cïn yic kä ye cam ke W në kë yenë adit cïï lëu bïk ya cath. Kë ril yic apɛi aye tek yic apuɔth (16) Kä ye röt looi ke thöŋ (IMAC).
Cït mɛn cïnë ye nyuɔɔth në Thura 1 yic, kä ril yiic kedhie aanɔŋic käŋ kaa diäk ke RC (RC-L, RC-M ku RC-H) cï keek gɔ̈lpiny në LH1. Kë cï looi në 2.80-A de kä ril yiic cïn yic mïïth-W ee kä wääc kaa 16 ke αβ nyuɔɔth, ye LH1 cï thiöök nhom looi cï RC gɔ̈lpiny abɛ̈n, ye cɔl RC-LH116 ril yic. Tɛ̈n yenë 2.65Å tɔ̈ thïn në mïïth yiic nɔŋic käjuëc wääc yiic kaa 14 ke LH1 cï kek ya riɔ̈ɔ̈kic në mïïth yiic, man ye cɔl RC-LH114-W.
(A ku B) Kë ye nyuɔɔth në pinynhom de kë cï mat. (C ku D) Kä cï keek mat yiic aye keek nyuɔɔth në rods yiic. (E ku F) Kä riliic cï kek tïŋ në baŋ de cytoplasmic yic aye naŋ kä thi kɔ̈k ke peptides ku jɔl ya LH1 cï kek ya nyuɔɔth në kä ye kek thuur yiic, ku ka ye kek kueen në thɛɛr ke mïïth yiic [ye thöŋ kenë nambaai ke Rba. kä ril yiic apɛi (13)]. Në LH1-α, ke kïït ke mïïth ke mïïth aye ya ɣer; në LH1-β, ke tɔ̈c de tɔ̈c de mïïth ee tɔ̈c; ë thäät-W, thäät ë thäät ë thäät; ë RC-H, ë thäät; ë RC-L, ë Ɣön ë Löŋ; ë RC-M, ë mägëntä. Kä ye käŋ määt yiic aye kek nyuɔɔth në rods, kë maŋök ee BChl ku BPh nyuɔɔth, kë mathiäŋ ee carotenoids nyuɔɔth, ku kë mathiäŋ ee UQ10 nyuɔɔth. (G ku H) Tïŋ cï dït apɛi de mïïth-W tɔ̈ në ɣän thöŋ ke RC-LH114-W ril yic (G) ku RC-LH116 ril yic (H). Kä ye käŋ määt yiic aye keek nyuɔɔth në dhöl yenë ɣän lääu thiɔ̈ɔ̈ŋ, ku kën ye cɔl quinone cï tääu në pïu yiic aye nyuɔɔth në kë ye ɣeer. Kë tɔ̈ në mïïth yiic ke W aye nyuɔɔth në thäm cï gɔ̈l në (G) yic, ku ɣɔ̈ɔ̈r thiik yenë quinone/quinolol tɔ̈ në LH116 yic aye nyuɔɔth në thäm col cï gɔ̈l në (H) yic.
Thura 1 (A ku B) ee RC nyuɔɔth cï gɔ̈lpiny në tɛ̈ɛ̈k de LH1αβ cï liep wala cï thiöök, ku töŋ de kek ee BChl kaa rou ku carotenoid tök rek (Thöŋ 1, C ku D). Kä cï kek kueen wënthɛɛr aacï ya nyuɔɔth ke Rps yenëka ye LH1 ë thäät yiic. Në dhöl yenë käŋ cak në pïu yiic, ke käjuëc käkë aye naŋ ciin de käm cï kek liääp (17). Ku na yïn ya, ke spiropyrroxanthin yenëka ye tɔ̈ ke ye kë ye tɔ̈ në pïu yiic ku ye tɔ̈ ke ye kë ye kɔc cɔk thök. Ku na yïn ya, ke ɣok acï lɔc buk kä ye cɔl spiroxanthin ya looi në ɣän yenë LH1 röt rek thïn kedhiɛ. Alpha ku beta aye TMHs tök nɔŋ ɣän thii ke pïu tɔ̈ aɣeer (Thoŋ 1, A, B, E, ku F). Naa cak tɔ̈u ke thiɛk de kä cï döŋ piny kaa 17 në C-thök këc tïŋ, ke alpha polypeptide acï tek yic tënë Met1 agut cï Ala46 në kee käkë yiic kedhie. β ë tɔ̈ në Gly4 yic agut cï Tyr52 në RC-LH116 yic, ku në Ser5 yic agut cï Tyr52 në RC-LH114-W yic. Acïn thëm de 3 wala 4 N-thök wala 13 C-thök cï döŋ cï tïŋ (Thiɛ̈ŋ S1). Cɛɛth cï looi në RC-LH1 cï liääp yic cï guiir tënë käm cï kek yök në tiɔpic acï bɛ̈n nyuɔɔth ke ɣän cï määr aye ya kä cï kek tek yiic në kee käm käkë yiic (Thiɛ̈ŋ S1 ku S2). N-thök ë α-Met1 acï tïŋ ëya dɛ̈t (f). Kë cï yök në thëm yic acï nyuɔɔth lɔn ye α-peptide naŋ kä cï döŋ ke fMet1 agut cï Asp42/Ala46/Ala47/Ala50, ku β-peptide anɔŋic kä cï döŋ ke Ser2 agut cï Ala53, ku yen ee kë puɔth cï mat kenë EM de thëm de thëm de thëm de thëm de thëm.
Tɛ̈ yenë α-Kë29 ku β-Kë36 thöŋ thïn ee BChls cɔk tɔ̈ në nyin në nyin; αβ ëbɛ̈n ee rot mat kenë kɔc thiääk kenë yen agokë dhöl ë thok ë thok ya looi (RC-LH114-W) ka dhöl ë dhöl ë thok ë thok (RC-LH116) në RC lɔ̈ɔ̈m. Të thööŋë yen kenë 877 nm de RC-LH114-W, ke 880 nm de RC-LH116 ee 3 nm (Thöŋ 2A). Ku na yïn ya, ke thëm de dichroism cï gɔ̈ɔ̈lic ee thöŋ (Thiɛ̈ŋ 2B), ku ye nyuɔɔth ke na cɔk ya naŋ wuɔ̈ɔ̈c dït apɛi në kaam de thëm cï liep ku thëm cï thiöök, ke piny tɔ̈ në BChls yic ee thöŋ apɛi. Kë ye yök në redshift yic alëu bï ya kë cï bɛ̈n bei në thök de cäth de atuɔ̈c yic ku juak de tɔ̈c në kë cï thiöök yic (18, 19), wɛ̈ɛ̈r de kä cï röt mat në kë cï thiöök yic (20, 21), wala mɛ̈ɛ̈t de kee käkë kaa rou (11).
(A) Kë ye yök në pïu yiic/ye tïŋ/thiääk ke pïu yiic, ke thökde aye keek gɔ̈t në käken thöŋ kenë keek ku ka ye keek thɔ̈ɔ̈ŋ keke thök de BPh në 775 nm. (B) Kë cï gölic de käŋ cï röt looi acï thɔ̈ɔ̈ŋ keke BChl ye käŋ lööm në 805 nm. (C ku D) Kä cï kuany ke ΔA ë thëm de thëm de thëm de thëm de thëm de RC-LH114-W (C) ku RC-LH116 thëm (D). Në thööŋ puɔth, kä ye tïŋ kedhie aye keek thɔ̈ɔ̈ŋ tën ∆A de −A në 0.2 ps. (E) Ciin de cytochrome c2 ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë UQ2 (tïŋ Thura S8 në wël cï keek yök). (F) Në kä cï cil në ruɛl tɔ̈ piiny, tɔ̈ ciɛɛl ka tɔ̈ në ruɛl dït yic (10, 30 ka 300μMm-2 s-1, në thɛɛr yiic), ke mïïth ke W ku RC-L aye tɔ̈ në kä cï kek juiir yiic ku jɔl ya kä cï kek tek yiic. Tïŋ käke mïïth në SDS-polyacrylamide gel ku thëm de kä ye guɔ̈p gël (tïŋ Thura S9 në kä cï yök). Tïŋ thööŋ thiääk kenë RC-LH114-W cï juiir. Ciin de RC-L tënë mïïth-W ke kä ril yiic ee 1:1.
BChls tɔ̈ në thɛɛr ke 1 yiic në αβ14 cï riääk de RC-LH114-W (Thöŋ 1, A, C, ku E) aye thiääk kenë RC ë thɛɛr ë gɛ̈m (P) në 6.8Å awär BChls thöŋ ë RC-LH116 (Thöŋ. 1, B, S3); ku na yïn ya, ke thɛɛr ke thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë RC-LH114-W ku RC-LH116, ke thök ë thök ë thök ë thök ë LH1 agut cï RC aye 40 ±4 ku 44±3 ps (Thöŋ 2). , C ku D, Thura S4 ku Thura S2). Acïn kë dït ëya dɛ̈t wääc në gɛ̈th de käke aliiric në RC yic (Thiɛ̈ŋ S5 ku athör thiääk ke yeen). Ayeku thɔ̈ɔ̈ŋ ke thiääk de thaa ë gɛ̈ɛ̈r de riɛl në kaam de LH1 ku RC-P ee kë thöŋ de kaam, thëm ku riɛl lëu bï ya tɔ̈ në BChl juëc yiic në LH1 loops kaarou yiic. Aye tïŋ ke yök de LH1 ë riɛl bï ɣet të tɔ̈u yen thïn acie lac thök awär gɛ̈ɛ̈r de riɛl ë thäät ë thäät ë thäät ë RC. Kë cï liep thok de LH1 në RC-LH114-W yic alëu bï ya naŋ cäth cie yic riɛl në atuɔ̈c tɔ̈ piiny yic agonë ​​käŋ ya deet yiic, ku ka nɔŋ kë bäär apɛi ye cɔl αβ14 në atuɔ̈c de ɣöt yic tënë kaam de βBChls në ɣän tɔ̈në RC 1 thïn.
RC-LH116 ë tɔ̈ thïn anɔŋic 32 BChls ku 16 ë carotenoids, ku ajuɛɛrden ëbɛ̈n athöŋ ke kë cï yök tënë Thermochromatium (Tch.) pidpidum. (12) ku pïu ë pïu ë pïu ë pïu (blc.vïrïdïs) (pdb ID 6ET5) (10). Në thök de thök, ke kä thiik ke thök ë thök ë αβ ë thök ë thök acï keek tïŋ, cït mɛn de 1-5, 15, ku 16 (Thöŋ S6). Tɛ̈ nɔŋ yen protein-W, ke ka nɔŋ kë thiekic ye rot looi në luɔɔi de LH1 yic. TMHs keen kaadiäk aye röt rek në dhöl thiin koor, kenë N-ciëën tɔ̈ në baŋ de lumen de kë ril yic ku C-ciëën tɔ̈ në baŋ de cytoplasmic (Thoŋ 1A ku 3, A agut cï D). Mïïth-W aye lac yök në pïu yiic (Thoŋ 3B), ku TMH2 ku TMH3 aye röt mat kenë LH1αβ-14 agokë ya tɔ̈ në pïu yiic (Thoŋ 3, B ku E agut cï G). Kë yenë käŋ yök thïn ee yic naŋ Phe, Leu ku jɔl ya kä cï döŋ piny në ɣän yenë kek yök thïn. Kä cï döŋ piny käkë aye keek määt yiic kenë kä ye pïu dɔm ku kä ye pïu dɔm ku αβ-14. Kä kɔ̈k cï döŋ piny aye röt mat ëya dɛ̈t, agut cï pïu cï röt rek në kaam de W-Thr68 ku β-Trp42 në pïu yiic në pïu yiic (Thoŋ 3, F ku G). Në thɛɛr ke tɔ̈c yiic, ke Gln34 ee thiääk kenë akut de keto de αβ-14. Në yekënë kɔ̈u, ke n-dodecyl β-d-maltoside (β-DDM) acï yök ke cï juiir, ku yɔ̈l de pïu acï rot juak agut cï të yenë mïïth tɔ̈ në kaam de mïïth ke W ku αβ-14 yök thïn, ku yɔ̈l de lipid alëu bï ya tɔ̈ në guöp yic. Acuk tïŋ ëyadɛ̈ ke ɣän ke C-terminal ke mïïth ke W ku RCH aye thiääk apɛi, ku ka cie tɔ̈ në thɛɛr ke tɛ̈ɛ̈k de käŋ yiic (Thoŋ 1, A ku E). Ku na yïn ya, ke ka nɔŋ käjuëc ye röt mat në kee mïïth käkë yiic, man lëu bï ya naŋ dhɔ̈l benëke mïïth ya yök në thɛɛr yenë RC-LH114-W määt yiic.
(A) Protein-W, ye nyin tïït në LH1αβ14 në thura yic, anɔŋ kë cït kën ye cɔl rod (kë thith), ye nyuɔɔth në bak de thura de kë ye mac cɔk tɔ̈u (kë ye ɣeer ye tïŋ ke nɔŋ kën cï gölic de 0.13). (B) Kä ye cam-W aye nyuɔɔth në kë cïn pïu tɔ̈ thïn. Polar ku ɣän nɔŋ charged aye keek nyuɔɔth në cyan, ɣän cïn pïu thïn aye keek nyuɔɔth në kë ɣer, ku ɣän ril yiic apɛi aye keek nyuɔɔth në orange. (C ku D) Kä ye cam-W ye nyuɔɔth në thura yic, të tɔ̈ yen thïn athöŋ kenë (A) (C), ku ye rot wïïc në 180° (D). Cït mɛn de të tɔ̈u yen thïn në thɛɛr cï ke yiic mat yiic, kä cï döŋ piny ye keek tek thook aye kïït ke rainbow lööm, të yenë N-ciëën tɔ̈u thïn ye ɣer ku C-ciin tɔ̈u thïn ee thith. (E) Kä ye cam-W në tïŋ töŋ cït mɛn de (A), ku kä cï döŋ piny në ciɛɛl de kä ye cam-W:LH1 aye keek nyuɔɔth në rods nɔŋ kä cï keek tääu thïn. (F) Kä ye cam-W aye röt wïïc në 90° thiääk kenë (E) ku LH1αβ14 në nyooth de kä ye thuur yiic, ku thiääk kenë kä cï döŋ piny në nyooth de bar yic. Kä cï döŋ piny tënë beta aye keek gɔ̈t. Kë ye cɔl cofactor aye nyuɔɔth ke ye bar thöŋ ke kïït ke Thura 1, β-DDM cï riääk aye nyuɔɔth në köl ɣer, ku aliir de aliir aye nyuɔɔth në köl thith. (G) Kë ye tïŋ në (F) yic aye wïïc në 180°, kenë kä cï döŋ piny ke alpha cï gɔ̈t.
Protein-W ee αβ wääc waar (manë 15th në thura de 1F yic), ku ka ye thiɛ̈k de loop gël ku ye αβ kaadiäk tueeŋ cɔk lɔ piny. Acï tïŋ ke kën dït apɛi cï rot dhuɔ̈kciëën de αβ-1 tueŋ thiääk kenë kë cï ɣoi tɔ̈u apuɔth ee 25° agut cï 29° (Thöŋ 1, A ku E), cï looi në 2° agut cï 8° kën cï rot dhuɔ̈kciëën de αβ-1 në RC A thöŋ ke LH116 ku Thura 1, B). Këde rou ku këde diäk aye röt tääu në ciin de 12° agut cï 22° ku 5° agut cï 10°, në tök. Në kë yenë RC gël, ke thëm de αβ-1 acie yen mat thïn në αβ de rou yic (man ye thöŋ kenë αβ de 16 në thura 1F yic), ku kän ee kaam de LH1 looi (thura 1, A ku E) . Në kë cïn yen käŋ kaa rou ke αβ wääc, ye mat kenë määr de BChl kaa ŋuan ku käŋ kaa rou ke mïïth, acïn töŋ de käŋ ye röt rek kenë αβ-1 cï thɔ̈ɔ̈ŋ, ku kën ee LH114-W bɛ̈i nɔŋic käŋ kaa 13 ke mïïth ye cam ku 28 BChls. Kä ye thɔ̈ɔ̈ŋ ke kä ril yiic kaa rou në ɣän ke αβ1 agut cï ɣän kaa 7 aye tɔ̈ piiny awär kä kɔ̈k ke LH1 loop, lë bïk kä tɔ̈u thïn ke LH1 thiääk kenë ɣän ke RC QB nyuɔɔth (Thiɛ̈ŋ 4) .
Thura ke RC-LH114-W (A ku B) ku RC-LH116 (C ku D) aye nyuɔɔth në thöŋ de thööŋ tɔ̈ nhial/tïŋ tɔ̈ në baŋ ciɛɛl (A ku B) (A ku C) ku thööŋ de ɣön ë tɔ̈c ë thööŋ 1. (B ku D). Key ë gɛ̈tpiny acï nyuɔɔth në thäät yiic.
Kë dɛ̈t peei ye käŋ nyuɔɔth ke nɔŋ ciin de 1:14 ee kë ye cɔl Rba.) RC-LH1-PufX dimer (13). Ku na yïn ya, ke mïïth ke W ku jɔl ya PufX acïn käjuëc ye kek nyuɔɔth ëke thöŋ kenë kek, ku ka nɔŋ käjuëc ye kek yök në luɔɔiden yic në LH1 yic. PufX ee TMH tök nɔŋ N-ciëën ye lac yök kenë baŋ de RC-H (13) në ɣän thöŋ kenë Rps. pälüstërïs LH116αβ-16. PufX ee dhöl ë gël de rc-LH1 ku bcl ë bcl ë bcl ë bcl ë bcl yic cak ku ka tɔ̈ në Rba yiic kedhiɛ. späëröïdës cörë kömplëx (13). Naa cak tɔ̈u ke kën tök-tök tɔ̈u në Rba yic. Dimer de RC-LH1-PufX ee tɔ̈ në ɣän yenë mïïth ke W thɔ̈ɔ̈ŋ thïn në RC-LH114-W yic, ku kaam ye tɔ̈ në PufX ku mïïth ke W yiic ee tɔ̈ në ɣän thöŋ yiic (Thoŋ S7A). Kë tɔ̈ në RC-LH114-W yic ee thöŋ ëyadɛ̈ kenë dhöl yenë käŋ thɔ̈ɔ̈ŋ (8) de käŋ cï kek yök në käŋ yiic, man ye looi në kä cïï thiääk kenë mïïth ke W ka PufX (Thöŋ de S7B). Në thɛɛr kɔ̈k yiic, ke dhöl de quinone tɔ̈ në Blc. LH1 cï looi ke cïn γ tök (7) tɔ̈ në thɛɛr thöŋ yiic (Thiɛ̈ŋ S7C). Na cɔk ya tɔ̈ ke ye tɔ̈ në mïïth wääc yiic, ke tɔ̈c de kee käkë në ɣän thöŋ yiic në RC-LH1 yic ee rot looi ke ye nyooth de cɛ̈k de käŋ, ye nyuɔɔth ke kaam cï cak në mïïth W alëu bï ya luui cïmën de mïïth ke quinone.
Kë tɔ̈ në kaam de LH114-W yic ee tɛ̈n yenë käŋ lɔ tueŋ thïn cɔk loi rot në kaam de RC-LH114-W yic ku jɔl ya käjuäc ke RC-LH114-W yiic (Thoŋ de 1G), ke cie bïk käŋ kaarou ya rek në mïïth yiic cïmën de mïïth yiic. RC-LH116 ë thäät ë thäät ë thäät ë Tch cï thiöök. Kë cït ë thëm (22) (Thöŋ 1H). Në kë yenë quinone lac tɛkpiny në pïu yiic, ke LH114-W cï liep thok alëu bï RC lac ya cɔk lɔ tueŋ awär LH116 cï thiöök thok, ku tɛ̈n yenë quinone rot tɛkpiny në RC yic alëu bï ya gël apɛi. Në thëm de thëm de mïïth W ye gɛ̈ɛ̈r de kä ye tɔ̈ në RC yic riɔ̈ɔ̈k, ɣok acï thëm de kä ye tɔ̈ në pïu yiic looi në thëm de kä ye tɔ̈ në pïu yiic 2 (UQ2) (kë thöŋ ke UQ10 ë cak nɔŋ nhom thiin de isoprene) (Thiɛ̈ŋ 2E). Naa cak tɔ̈u ke kën ye cɔl quelated quinone ee kë ye yök apuɔth de kë ye tïŋ ke Michaelis gël (RC-LH114-W ku RC-LH116 aye piath tënë 0.2±0.1μM ku 0.5±0.2μM, në tök), ke kën dït apɛi de s-LH114-114-0. 28±5% dïär rc-lh116 (3.6±0.1 e-rc-1 s-1).
Acuk thɔ̈ɔ̈ŋ thɛɛr lɔn ye mïïth-W tɔ̈ në 10% de mïïth yiic (16); ë tɛ̈n, thööŋ de tɔ̈c de tɔ̈c tɔ̈ piiny, tɔ̈c ciɛɛl, ku tɔ̈c dït ë dït de tɔ̈c ë 15±0.6%, 11±1% ku 0.9±0.5, ë thäät yiic % (Thöŋ 2F). Thɔ̈ɔ̈ŋ de kä juëc ke thëm de käŋ acï nyuɔɔth lɔnadɛ̈ ke juɛ̈k-juɛ̈k de kä ye cɔl histidine acïï kä juëc ke mïïth-W ye dhuɔ̈kciëën të thööŋë keek kenë kä ye tɔ̈u në tiɔpic (P = 0.59), ku kee käkë acie kä cï looi ke mïïth-W cï keek looi (Thöŋ S10). Ku na yïn ya, ke tɔ̈c thiin de mïïth ke W në RC-LH1 yic alëu bï RCs kɔ̈k ya puɔ̈l bïk röt ya waar në dhöl thiin koor yic, ku kän ee rot lac waar në RC-LH116 yic. Acuk tïŋ ke thëm de tɔ̈u de ɣɛɛr dït apɛi acie thöŋ keke wël cï keek gɔ̈t ëmɛn, ye nyuɔɔth lɔnadɛ̈ ke pufW gene ë tɔ̈u thïn ee rot juak në ɣɛɛr ril yic (Thiɛ̈ŋ S11) (23). Wuɔ̈ɔ̈c de pufW ku jɔl ya mïïth-W ye kek mat në RC-LH1 yic ee kɔc liääp nhïïm ku ka lëu bïk lööŋ riliic ke mïïth ya nyuɔɔth.
Në RC-LH114-W yic, ke 6 ke rïŋ (CDL), 7 ke rïŋ (POPC), 1 ke rïŋ (POPG) ku 29 ke β-DDM aye kek tɛkpiny ku ka ye kek looi në ye yic 6 CDLs, 24 POPCs, 2 POPGs ku 12. Rc-LH116 (Thïër 5, A ku B). Në kee käŋ kaarou käkë yiic, ke CDL ee tɔ̈ në baŋ de pïu yiic, ku POPC, POPG ku jɔl ya β-DDM aye lac tɔ̈ në baŋ de pïu yiic. Käŋ kaa rou ke pïu ë pïu yiic ku pïu ë pïu yiic aacï keek tek yiic në αβ-1 agut cï αβ-6 ë RC-LH114-W ril yic (Thöŋ 5A), ku käŋ kaadhiëc aacï keek tek yiic në ɣän thöŋ ke RC-LH116 (Thöŋ 5B ). Kä juëc ke pïu ë pïu yiic aacï kek yök në baŋ dɛ̈t de pïu yiic, man ye cɔl CDL, cï röt määt në kaam de RC ku αβ-7 agut cï αβ-13 (Thöŋ 5, A ku B). Kä kɔ̈k peei ye kek juiir ku jɔl ya kä ye kek lɔɔkic aye tɔ̈ në biäk de LH1 kɔ̈u, ku käjuëc cï kek ya juiir apath aye röt juak në kaam de LH1 yic, ku ka ye kek tääu në β-DDM yic në RC-LH114-W yic, ku ka ye kek guiir ke ye β-DDM në RC A cï liääp kenë βPOPC-DLDM ku jɔl ya βPOPC1HD16. Kä thöŋ ke tɔ̈c de lipids ku kä ye pïu lɔɔkic në tɔ̈cda yic aye nyuɔɔth lɔn ye kek ɣän thiääk ke tɔ̈c ke tɔ̈c (Thiɛ̈ŋ S12A). Të tɔ̈në kä thöŋ ke molecules në Tch yic ëyadɛ̈ anɔŋ käpath ye röt waar. Gëntël ku Trv. 970 RC-LH1s (Thöŋ S12, B agut cï E) (9, 12) ku kä cï döŋ piny ke akut de nhom de lipid acï röt nyuɔɔth ke cïn kë puɔth cï kek tɔ̈ɔ̈u në thɛɛr cï kek mac yiic (Thöŋ S13), ku ye nyuɔɔth ke CDL cï tɔ̈ɔ̈u ye RC (24) tɔ̈ɔ̈u, kee ɣän käkë alëu bïk ya tɔ̈ɔ̈u.
(A ku B) RC-LH114-W (A) ku RC-LH116 (B) ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu, ku pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu. UQ cï thiääk ke RC QA ku ɣän ke QB ee ɣer, ku UQ cï tɛ̈ɛ̈k yic ee ɣer. (C ku D) Kä thöŋ ke (A) ku (B), ke lipids cï keek nyaai. (E agut cï G) Tïŋ dït de Q1(E), Q2(F) ku Q3(G) tënë RC-LH116, ke nɔŋ dhɔ̈l ke baŋdɛ̈t ye röt gël. Kä ye röt rek ke hydrogen aye kek nyuɔɔth ëke ye thäm col cï gɔ̈lpiny.
Në RC-LH116 yic, ke RC QA ku jɔl ya QB UQ, man ye luui në gɛ̈ɛ̈r de käŋ yiic në tɛ̈n yenë käŋ tek yiic, ku ka ye kek tɛ̈ɛ̈k yiic në ɣänken ye kek röt rek thïn. Ku na yïn ya, ke RC-LH114-W, ke QB ë quinone akëc thök ku ka bï ya jam në wël juëc yiic në ye wɛ̈t kënë yic. Në thɛɛr kɔ̈k yiic ke QA ku QB quinones, ke käŋ kaarou cï kek tääu në UQ yic (ye tɔ̈ në kaam de RC ku LH1) aye kek tääu në RC-LH114-W yic cïmën de akuɔ̈tnhïïmken ke nhom cï kek juiir apath (ye tɔ̈ në Q1 ku Q2, në thɛɛr yiic). käm). Thura 5C). Käŋ kaa rou ke isoprene aye keek gäm Q1, ku kë yenë piny nyuɔɔth acï 10 ke isoprene ke Q2 thöl. Në tɛ̈ɛ̈k de RC-LH116 yic, ke käŋ kaadiäk cï kek tääu në UQ10 yic (Q1 agut cï Q3, Thura 5D) acï kek bɛ̈n yök, ku käŋ kedhiɛ aanɔŋ dhɔ̈l ŋic kek kedhiɛ në yïth yiic (Thöŋ de 5, D agut cï G). Në dhɔ̈l kaarou yiic, ke ɣän tɔ̈ në akuɔ̈tnhïïm ke nhom de quinone yiic ke Q1 ku Q2 aye naŋ thöŋ dït apɛi (Thiɛ̈ŋ S12F), ku keek aaye röt mat kenë RC yetök. Q1 atɔ̈ në ɣöt thok de W ë RC-LH114-W (Thöŋ 1G ku 5, C, D ku E), ku Q2 atɔ̈ të thiääk ke të yenë QB määt thïn (Thöŋ 5, C, D) ku F). Kä cï keek tɔ̈ɔ̈u ke L-Trp143 ku L-Trp269 cï döŋ piny aye thiääk apɛi ke Q1 ku Q2 ku yekë kä lëu bïk π-tɔ̈ɔ̈u ë käŋ bɛ̈i (Thöŋ 5, E ku F, ku Thura S12). L-Gln88, 3.0 Å tënë aliir tɔ̈u të mec de Q1, ee aliir ril ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu (Thöŋ 5E); kën cï döŋ ee tɔ̈ɔ̈u në RCs yiic ke cie kën tɔ̈u të mec apɛi (Thiɛ̈ŋ S13). L-Ser91 ee tɔ̈ ke cï waar në Thr në RCs kɔ̈k yiic (Thöŋ de S13), ee 3.8 Angstroms tënë aliir de Q1, ku ka lëu bï aliir cie ril ya bɛ̈i (Thöŋ de 5E). Q3 acie rot ye tïŋ ke nɔŋ kë tɔ̈ ke ye yök, ku ka tɔ̈ në ɣän tɔ̈ në pïu yiic në kaam de RC-M ku LH1-α 5 agut cï 6 (Thiɛ̈ŋ 5, D ku G). Q1, Q2 ku Q3 wala kä thiääk kenë kek cï kek yök ëyadɛ̈ në Tch yic. Gëntël, Trv. Sträïn 970 änd Blc. Kë cï looi në nyin yic (9, 10, 12) ee të cï tɔ̈ɔ̈u de kä ye kɔc kony në RC-LH1 yic nyuɔɔth (Thiɛ̈ŋ S12G). UQs kaa dhiëc cï riääk në RC-LH116 aye tɔ̈ në mät puɔth yic kenë 5.8±0.7 de gɛɛr de kë ril yic cï yök në thëm de pïu dït (HPLC), ku UQs kaa diäk cï riääk në RC-LH114-W aye tɔ̈ piiny awär thëm de 6.2±0.3 (Fig. kä cï looi.
Kä ye thöŋ ke L ku M aye naŋ TMHs kaadhiëc ku yekë kä wääc looi ye BChl tök mat yiic, käŋ kaa rou ke BChl, käŋ kaa rou ke käm (BPh), ku töŋ de käm cie Heme ku töŋ wala käŋ kaa rou ke UQ10. Në tɔ̈ de pïu yiic në akut de ketone yic ku jɔl ya tɛ̈n yenë kek määt yiic në Rps yiic, ke pïu yiic aye kek mat në akut de M yic, man ye cɔl cis-3,4-dehydroorhodopin. Käŋ (25). Baŋ biyic de RC-H ee tɔ̈ në TMH tökic. RC ëbɛ̈n athöŋ kenë RC thii kɔ̈k kaadiäk ke kä thiääk kenë kek (cïmën de Rba). späëröïdës (PDB ID: 3I4D). Käjuëc ke BChl ku BPh, ku jɔl ya adit ke carotenoid ku jɔl ya adit cie adit ke heme aye röt mat në kee käkë yiic, cïmën de akut de nhom de UQ10 në ɣän ke QA yiic ku jɔl ya akut de QB në RC-LH116 yic (Thoŋ de S15).
Tɔ̈u de käŋ kaarou ke RC kenë ɣän wääc ke QB ee dhöl yam bɛ̈i bïnë kä ye röt waar ke thöŋ kenë QB quinone binding ya tïŋ. Në RC-LH116 ë thäät yiic, ke QB ë thäät yiic ee tɔ̈ në thäät yiic ë thäät yiic ë thäät yiic (26), ku tɛ̈ŋ yic de RC-LH114-W acïn QB ë thäät yiic. Acïn kë ye cɔl QB tɔ̈ në RC-LH114-W yic, man ye kë ye kɔc gäi në kë yenë kë ril yic tɔ̈ në RC-LH116 yic tɔ̈ ke nɔŋ kë ril yic cï looi në RC-LH114-W yic. Naa cak tɔ̈u ke LH1 kaa rou aye naŋ käŋ kaa dhetem ke quinones, ke käŋ kaadhiëc aye keek looi në RC-LH116 cï thiöök yic, ku käŋ kaa diäk ke RC-LH114-W cï liep yiic. Kë cï rot juak kënë de tɔ̈c alëu bï RC-LH114-W QB ya lac waar, ku bï quinone ya lac waar në kä riliic yiic, ku jɔl ya tɛ̈n lëu benë LH1 ya tëëk thïn. Ɣok aacï thɔ̈ɔ̈ŋ lɔn cïn yen UQ tɔ̈ në RC QB ë RC-LH114-W yic alëu bï ya kë cï bɛ̈nbei në kë dït yic ku ë tɔ̈ ke ril yic, ku QB ë RC-LH114-W acï lac thök në UQ ë thök ë thök ë thök ë thök (ɣön ë thök ë thök ë QB acï thök ë thök ë thök ë thök) ref.
Na cïn QB, ke gɛ̈ɛ̈r de L-Phe217 ye cath kenë yen në thɛɛr cïï thöŋ kenë UQ10 cï mat, në kë bï yen thɔ̈ɔ̈r de piny cɔk loi rot kenë akut tueeŋ de isoprene de nhom (Thiɛ̈ŋ 6A). Në ye kënë yic, ke käjuëc ye röt waar në thɛɛr juëc yiic aye röt ŋic apath, cïmën de helix de (helix thiin koor tɔ̈ në kaam de TMH D ku E yic) man yenë L-Phe217 rot waar në QB yic ku jɔl ya wɛ̈ɛ̈r de L-Tyr223 (Thoŋ de 6A) ago pïu cï röt rek ya dhuɔ̈ɔ̈ŋ yiic kenë M- tën (Thöŋ 6B). Helix ee rot wïïc në ye cök, ku Cα de L-Ser209 ee rot waar në ciin de 0.33Å, ku L-Val221Cα ee rot waar në ciin de 3.52Å. Acïn kä ye tïŋ ke ye rot waar në TMH D ku E yic, ye keek tääu në käŋ yiic kedhiɛ (Thiɛ̈ŋ 6A). Cït man ŋic ɣok yen, yen ee dhöl tueŋ ë RC ë cak yic ye ɣän ke QB thiɔ̈ɔ̈k. Të thööŋë yen kenë kë cï thöl (QB-bound) ee yen nyuɔɔth ke quinone këc thök, ke wɛ̈ɛ̈r de tɔ̈c ee wïc bï lɔ në quinone yic. L-Phe217 ee rot wïïc ago π-tök ya looi kenë akut de nhom de quinone, ku helix ee rot waar aɣeer, ku ye yom ke L-Gly222 ku jɔl ya baŋ ciɛɛl de L-Tyr223 puɔ̈l bïk ya tɔ̈ në aliiric agokë ya tɔ̈ ke cïn kë ye kek rek (Thöŋ de 6, A ku C).
(A) Kä cï röt mat ke hologram (L thäm, thäm/M thäm, magenta) ku apo (kë ɣer) cï looi, wën yenë kä thiekiic cï döŋ piny nyuɔɔth në tän de kë cït rod. UQ10 ee tɔ̈ në thëm de thëm. Kë cï gɔ̈lpiny ee kë cï rot mat në pïu yiic nyuɔɔth në kë cï looi yic ëbɛ̈n. (B ku C) Kë ye nyuɔɔth në pinynhom de pïu yiic ku jɔl ya tɛ̈n yenë kek tɔ̈ thïn kedhiɛ, ye pïu tɔ̈ në baŋ ciɛɛl de L-Phe217 nyuɔɔth në pïu yiic ku L-Tyr223 në pïu yiic, në thɛɛr yiic. L ë thäät ë thäät; M ku H ë thäät yiic acie thɔ̈ɔ̈ŋ. (D ku E) Kä ye yök në pïu yiic (D) ku ëbɛ̈n (E) ɣän ke RC QB [kïït ke (A) ë ke thöŋ] ku pïu ë pïu yiic PSII (kïït ë pïu yiic, pïu ë pïu yiic kenë pïu ë pïu yiic; PDB ID: 3WU2) Tɔ̈ɔ̈u (58).
Ke këc ŋic, naa cak tɔ̈u ke kä juëc ke RCs cïn LH1 tɔ̈u, ke kä cï röt waar ke tɔ̈u në ye puɔ̈ɔ̈c kënë yic akëc keek kan lueel wënthɛɛr. Käk anɔŋiic dhöl de thök de QB tënë Blc. vïrïdïs (PDB ID: 3PRC) (27), Tch. tëpïdùm (PDB ID: 1EYS) (28) ku Rbä. 1OGV (29), keek kedhiɛ aye thöŋ kenë dhölden ë QB ëbɛ̈n. Cɛɛth thiɔ̈k de 3PRC acï nyuɔɔth ke LDAO (Lauryl Dimethyl Amine Oxide) ee rot mat në ɣöt thok de QB, man lëu bï tɔ̈ɔ̈u de käŋ ya gël ago ya thiöök. Na cɔk LDAO ya tɔ̈ ke cïï rot ye riɔ̈ɔ̈k në thɛɛr thöŋ yiic në 1EYS ka 1OGV yic, ke RCs käkë aye kek looi në luɔɔi de pïu thöŋ yiic ku në kë de ye wɛ̈t kënë yic, ke ka lëu bïk ya tɔ̈ në thɛɛr thöŋ yiic. Kë cï looi në Rba. RC cï mat kenë c2 (PDB ID: 1L9B) acït mɛn nɔŋ yen të cï thiöök de QB. Ku na yïn ya, ke baŋ de N-ciëën de RC-M polypeptide (ye rɔ̈mpiny kenë ɣän yenë QB röt mat thïn në H bond de Tyr cï döŋ në Q helix yic) ee kä cïï röt ye lac looi lööm, ku tɛ̈n yenë QB rot waar thïn acie bɛɛr ya tïŋ (30). Kë ye kɔc cɔk ril puɔ̈ɔ̈th ee kë këc ɣok ye dhöl kënë tïŋ ke cï rot waar në RC-LH114-W yic, man ye thöŋ kenë RC-LH116 RC. Alëu bï ya ŋic ëyadɛ̈ ke thök de thök de LH1 ë tɔ̈ në pïu yiic, ke RCs ke apolipoprotein tɔ̈ në PDB yic aacï kek bɛ̈n nyaai, man cï pïu ke quinone tɔ̈ thïn ku lipids tɔ̈ në kaam de RC ku pïu tɔ̈ në pïu yiic ke LH1 tɔ̈ në ye lɔ̈ɔ̈m yiic nyaai (31, 32). RC ee ŋoot ke luui në kë yenë käŋ kedhiɛ tɔ̈ thïn muk, ke cie kë ye cɔl QB quinone ye lac thök, man ye lac määr në thɛɛr ke juiir yic (33). Në ye kënë yic, ke ka ŋic ke tɛ̈ɛ̈u de LH1 ku jɔl ya lipid ke RC yiic alëu bï ya naŋ kë ye looi në luɔɔiden yic, cïmën de pïïr ë raan cï tɛ̈ɛ̈k yic në P+QB-tɔ̈u (31, 34, 35). Ku na yïn ya, ke ɣok aa thɔ̈ɔ̈ŋ lɔn nadë ke tɔ̈ de LH1 ring tɔ̈ në RC yic alëu bï ɣän ke QB “cï thiöök” ya muk, ku ëya dɛ̈t, ke piny tɔ̈ në QB thiääk kenë yen ya gël.
Na cɔk apolipoprotein (ke cïn QB quinone) ku jɔl ya tɛ̈n cenë ye luɔɔi thïn ëbɛ̈n ya tɔ̈ ke ye käŋ kaarou ye röt waar në ɣän ke QB yiic, ke cie käjuëc cï röt ya looi, ke ka nɔŋ kä ye nyuɔɔth ke kä cï röt mat yiic alëu bïk ya gël agokë cië ye bɛɛr mat në hydroquinone yic. Tɛ̈n yenë quinolol ku quinone röt määt thïn thiääk kenë ɣän ke QB ke apoliprotein alëu bï ya wuɔ̈ɔ̈c, man ye RC cɔk jäi. Acï lac lueel ke wɛ̈ɛ̈r de käŋ ee naŋ kë ye looi në mät yic ku cotpiny de quinones yiic. Tɛ̈ lëu bï RCs cï liääp ke quinones ya dhuɔ̈kciɛ̈ɛ̈n të cïnë thök de thök ya thök (36); X-ray acï nyuɔɔth lɔnadɛ̈ ke riääk kënë ee rot looi në kë cenë QB quinones mac në “tɛ̈n mec” cï looi në 4.5 Å tënë të tɔ̈u yen thïn thiääk kenë yen (26) , 37). Ayeku lueel ke tɛ̈n yenë käŋ rek thïn ee kë ye tɔ̈ në kaam de apolipoprotein ku jɔl ya tɛ̈n yenë käŋ thɔ̈ɔ̈ŋ thïn, man ye tɔ̈ në thɛɛr tueeŋ yiic ke quinone ku jɔl ya liɛ̈p de ɣän ke QB.
RC de II ye yök në PSII de käm kɔ̈k ye cam në pïu yiic ku käm ye cam në pïu yiic, algae ku tiim aye naŋ kä ye kek yïk ku yekë luui në kek (38). Tɛ̈n yenë käŋ tääu thïn cï nyuɔɔth në thura de 6 yic (D ku E) ee thöŋ de kaam de PSII RCs ku ɣän ke QB ke RC de käm nyuɔɔth. Thɔ̈ɔ̈ŋ kënë acï lac ya kë yenë puɔ̈ɔ̈c de ajuiɛɛr thiääk kenë quinone määt ku bï yen ya dhuɔ̈kciɛ̈ɛ̈n. Kä cï kek gɔ̈t wënthɛɛr acïk bɛ̈n lueel ke wɛ̈ɛ̈r de käŋ ee ya cath kenë PSII yenë käŋ cɔk tɔ̈ piiny (39, 40). Ku na yïn ya, ke tɛ̈n cenë RC ya tɔ̈ɔ̈u thïn, ke tɛ̈n ëyenë kek kɔn tïŋ wënthɛɛr alëu bï ya luui ëyadɛ̈ tënë ɣän ke QB ke PSII RC në tiim ye cam në aliir yic.
Rps ΔpufW (kë cïn kë cï gɔ̈t në pufW yic) ku PufW-Këde (C-ciin de 10x Këde-cï gɔ̈t në mïïth yiic-W ye nyuɔɔth tënë të yenë pufW tɔ̈ thïn) kä cï röt looi. palustër CGA009 acï lueel në luɔida thɛɛr yic (16). Käk ku jɔl ya kä tɔ̈ në tiim yiic aake cï kek ya yök në kë yenë käŋ liɛɛr yiic në PYE yic (në 5 g liter -1 yic) (cï kek ya tɔ̈ɔ̈u në LB yic në -80 °C, nɔŋic 50% ( w/v) miök, mïïth cï kek bɛ̈ibei në yeast yic ku jɔl ya miök cï kek tääu në yeast yic. Kë cï tääu në thän yic acï tääu në akɔ̈l yic në col yic në atuɔ̈c de ɣöt yic në ɣän cïn aliir thïn, ku ka cï bɛ̈n tääu në ɣɛɛr ɣer yic (~50 μmolm-2 s-1) cï bɛ̈i në OSRAM 116-W mɛ̈c ke mɛ̈c (RS Components, UK) në nïn kaa 3 agut cï nïn kaa 5 agut cï bï mɛ̈c tök bɛ̈n. Töŋ de kä cï kek yök acï ya tääu në 10 ml de M22+ yic (41) cï ya juak në 0.1% (w/v) de kä cï kek yök në ye guöp (ye cɔl M22 në yemɛɛn). Ciɛɛŋ acï cil në ɣän lik ke aliir yiic në cool yic në 34°C ke ye yiɛ̈ɛ̈k në 180 rpm në thɛɛr kaa 48, ku 70 ml de ciɛɛŋ acï tääu në ɣän thöŋ yiic në thɛɛr kaa 24. Kë yenë käŋ cak në aliir yic nɔŋ ciin de 1 ml aye luɔ̈ɔ̈i bïnë 30 ml de M22 ya tääu në 30 ml de biäk de glass yic ku bï ya tääu në pïu yiic (~50 μmolm-2 s-1) në thɛɛr kaa 48 në riɛl de pïu yiic. Ku 30 ml de pïu acï keek tääu në pïu yiic në pïu yiic në thɛɛr thöŋ yiic, ku ka cï keek tääu në pïu yiic në pïu kaa 9 cï keek tääu në pïu yiic në ~200 μmolm-2 s-1 në thɛɛr kaa 72 yiic. Kä cï kek yök aacï kek ya yök në 7132 RCF yic në minit ka 30, ku ka cï kek bɛɛr ya tääu në ~10 ml de 20 mM tris-HCl yic (pH 8.0), ku ka cï kek ya tɔ̈ɔ̈u në -20°C agut cï bïk ya wïc.
Na cï thök ë pïu, ke yï tääu kä kɔ̈k ke pïu ë pïu yiic (Merck, UK), pïu ë pïu yiic (Merck, UK) ku jɔl ya pïu kaarou ye pïu yiic gël (Merck, UK) tënë kä cï kek bɛɛr tääu në pïu yiic. Në 20,000 psi ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu (Aminco, USA), pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë 8 agut cï 12. Na cï kä cïï riääk ku kä cïï lëu bïk thök nyaai në tɛ̈ɛ̈u ë pïu yiic në 18,500 RCF në minit kaa 15 në 4°C, ke kën cï tääu në pïu yiic acï tääu në pïu yiic në 113,000 RCF në thɛɛr kaa 2 në 43,000°C. Tääu ë biäk de kä ye lac liääp wei ku dhuɔ̈kë kë cï tääu në kïït yiic në 100 agut cï 200 ml de 20 mM tris-HCl (pH 8.0) ku tɛ̈ɛ̈uë keek në tökic agut cï bï ciɛ̈n kë ye tïŋ cï mat. Kë cï tääu në pïu yiic acï tääu në 20 mM tris-HCl (pH 8.0) (Anatrace, USA) nɔŋic 2% (w/v) β-DDM në thaa 1 në col yic në 4°C ke cï tääu në pïu yiic amääth. Ku tɛ̈ɛ̈u ë pïu yiic në 70°C bï RCF 150,000 ya tääu në 4°C yic në thaa 1 ago kä cï döŋ piny ya nyaai.
Kë ye pïu cɔk thök ë pïu yiic tënë ΔpufW acï tääu në 50 ml de DEAE Sepharose ion ë pïu yiic ke nɔŋ pïu yiic kaadiäk (CV) ke pïu yiic ë pïu yiic [20 mM tris-HCl (pH 8.0) nɔŋic 0.03% (w / v) β-DDM]. Lɔc ë thëm ë CV ë thëm ë rou, ku jɔl thëm ë thëm ë rou ë thëm ë 50 mM NaCl. RC-LH116 acï nyaai kenë 150 agut cï 300 mM NaCl (në kë cï mat yic) në 1.75 CV, ku kë cï döŋ acï nyaai kenë kë cï mat yic nɔŋic 300 mM NaCl në 0.5 CV. Kuɛ̈ny ë pïu ë pïu yiic në kaam de 250 ku 1000 nm, tɔ̈ɔ̈u bak de pïu ë pïu yiic (A880/A280) dït apɛi në 1 në 880 agut cï 280 nm, tääu ë pïu yiic në door yiic kaarou në kë ye pïu yiic mat yiic, ku luui ë dhöl töŋë në DEAE ë thëm de pïu yiic. Tääu ë bak ë thäät ë A880/A280 ë thäät juëc awär 1.7 ku A880/A805 ë thäät ë thäät ë 3.0, loi ë thäät ë diäk ë thäät ë ion, ku tɔ̈ɔ̈u ë bak ë thäät ë A880/A280 ë thäät ë 2.2 ku A880/A805 ë thäät ë thäät.0. Kë cï juiir yic apɛi acï määtiic agut cï ~2 ml në Amicon yic 100,000 kä thiek cï keek tɛ̈ɛ̈m yiic (MWCO) kä ye käŋ dhiim yiic (Merck, UK), ku tɛ̈ɛ̈uë keek në kë ye cɔl Superdex 200 16/600 dïtde cï nyaai thïn (GE Pialguöp, US) nɔŋic kë ye käŋ liääp ke 200 m, 1.5 Cïv. Kuɔ̈ɔ̈t yiic ë thëm de thëm de thëm de thëm de thëm de thëm de thëm de thëm, ku määt ë thëm de thëm de thëm de A880/A280 në 2.4 ku A880/A805 në thëm de 5.8 agut cï 100 A880, ku lac luɔ̈ɔ̈i keek në thëm de cryo-TEM ë thëm wala tɔ̈ɔ̈u de käŋ wïc agut cï -8°C.
MM mM tris-HCl (pH 8.0) nɔŋic 200 mM NaCl ku 0.03% (w/w)) në IMAC buffer (GE) yic. v) Bä-Ddm]. Kë cït kën acï lɔɔkic në CVs kaa dhiëc ke IMAC ë pïu, ku jal yaa CVs kaa dhiëc ke pïu ë IMAC nɔŋiic 10 mM ë pïu ë pïu. Kë ril yic apɛi acï nyaai tënë thäm nɔŋ käŋ kaa dhiëc ke IMAC nɔŋiic 100 mM de kë ye cɔl histidine. Baŋ nɔŋic RC-LH114-W ril yic apɛi aye määt yiic agut cï ~10 ml në kë cï liääp yic cï tääu në Amicon 100,000 MWCO käŋ yiic (Merck, UK), cï liääp në thɛɛr kaa 20 kenë kë ye käŋ liääp, ku jal mat thïn në 25 ml në kë ye käŋ liääp yiic në DEAE b. në thɛɛr tueŋ. Lɔ̈c ë thëm ë CV ë ŋuan ë thëm ë thëm, ku ë thëm ë thëm ë CVs kaa bɛ̈t ë thëm ë thëm ë 0 agut cï 100 mM NaCl (në thëm ë thëm), ku CVs kaa ŋuan cï döŋ anɔŋic 100 mM ë thëm ë thëm ë thëm ë thëm ë sori8de2. dït awär 2.4 ku A880/A805 thööŋ dït awär 4.6 bak acï keek määt yiic agut cï ~2 ml në Amicon 100,000 MWCO kën ye käŋ dhiim yiic, ku cï thiɔ̈ɔ̈ŋ në 1.5 CV IMAC në kë tueŋ cï thɔ̈ɔ̈ŋ de Superdex 200 cï tääu në kë cï mat yic në 16/600. 1.5 Cïv. Kuɔ̈ɔ̈të kä ye yök ke thëm de kä cï keek mat thïn ku määt kä ye yök ke A880/A280 thööŋ në 2.1 ku A880/A805 thööŋ në 4.6 agut cï 100 A880, ye lac luɔ̈ɔ̈i tën ajuɛɛr de TEM cï liɛɛr wala bï tɔ̈ɔ̈u agut cï -80.
Leica EM GP ë pïu ë pïu yiic acï luɔ̈ɔ̈i bïnë pïu ë pïu yiic ë TEM ë pïu yiic looi. Kë ril yic apɛi acï tääu në IMAC yic agut cï A880 de 50, ku 5μl acï tääu në kë yam cï tääu në pïu yiic 1.2/1.3 cï tääu në pïu yiic (Agar Scientific, UK). Tääu ë pïu yiic në 20°C ku 60% de pïu yiic në 30 s, ku jal tääu në pïu yiic në 3 s, ku jal tääu në pïu yiic në -176°C.
Kä cï yök ke RC-LH114-W acï keek dɔm në eBIC (Tënë Käke Thura de Käke Pinynhom) (Tënë Nuur de Käke Pinynhom de Britain) keke kën ye käŋ tïŋ ke Titan Krios, ye luui në riɛl dït apɛi de 300kV, keke riɛl dït apɛi de 130,000 de-V ku an. Kë ye cɔl Gatan 968 GIF keke kë ye käŋ yök nhial K2 acï luɔ̈ɔ̈i bï athuɔ̈ɔ̈r dɔm në kueer de kuɛ̈n bï kä cï yök määtiic. Kë cï them ee 1.048Å, ku thëm de kë cï them ee 3.83 e-Å-2s-1. Kuɔ̈ɔ̈t ë cinema yic në thɛɛr kaa 11 ku tek yic në biäk kaa 40. Luɔ̈ɔ̈i ë të cï tääu në carbon yic bï kë ye daai në kä thiik yiic bɛɛr tïŋ, ku jal kä ye ɣoi kaa diäk määt yiic në adhum tökic. Në thööŋ, 3130 de bidiöö aacï keek määt yiic, keke thööŋ de thööŋ de -1 ku -3μm.
Kä cï yök ke RC-LH116 acï keek määtiic në luɔɔi de kën yenë käŋ tïŋ në ɣän ke thëm de kä ye röt looi (Jamya de Leeds, UK). Kä cï yök aacï keek määtiic në kueer de kuɛ̈n keke dït de 130 k, ku dït de kä cï yök acï them tën 1.065 Å keke kën 4.6 e-Å-2s-1. Yen cinema kënë acï dɔm në thää kaa 12 ku acï tek yic në biäk kaa 48. Në thööŋ, kä ye ɣoi kaa 3359 aacï keek määt yiic, keke kä cï keek tïŋ në kaam de -1 ku -3μm.
Käk ë yök ë wël ëbɛ̈n aye looi në pïu ë Relion 3.0 (42). Luɔ̈ɔ̈i Motioncorr 2 (43) bï cäth de pïu cɔk piath në thëm de thëm de thëm, ku jɔl ya CTFFIND 4.1 (44) bï CTF (luɔɔi de thëm de thëm de thëm) yök. Kä ye thuur ke kä thiik cï keek thuur ke thɛɛr ke luɔi cï keek looi aye keek nyuɔɔth në Thura 2. S16. Kë yenë käŋ kuany yetök aye looi në kuɛ̈ny de kä thiik kaa 250 ke kä thiik kaa 1000 në këde 250-pixel ku cïn kën ye nyuɔɔth de käŋ kaa rou (2D) ye keek tek yiic, ku kën ee kä ye keek tek yiic rɛɛc ye kä cï them yök wala cïn kä ye keek tïŋ. Ku, kuɛ̈ny ë rot acï looi në kä thiik yiic kedhie, ku RC-LH114-W ee 849,359 ë käŋ, ku RC-LH116 ril yic ee 476,547 ë käŋ. Kä cï keek kuany kedhiɛ acï keek tëëk në dhɔ̈l kaa rou ke tɛ̈ɛ̈k de 2D cïï thöŋ, ku në thök de run tökic, kä cï keek yök ke tɔ̈u tëde carbon, kä cï keek them cï riääk, acïn kä ye keek tïŋ wala kä ril cï röt mat yiic aacï keek jäi, ku kën acï 772,033 (90.9%) ku 359,678% de kä cï keek luɔ̈ɔ̈i looi). rc-lh114-w änd rc-lh116 rëëscïväl. Kë tueŋ de 3D yenë käŋ tïŋ acï looi ke luui kueer yenë käŋ thɔ̈ɔ̈ŋ. Të luui ë löŋ tueŋ ke ye kën yenë käŋ nyuɔɔth, kä cï ke kuany aye keek tek yiic në akuut kaa ŋuan në 3D yic. Luɔɔi de löŋ tɔ̈ në ye akut kënë yic ke ye kë yenë käŋ nyuɔɔth, loi 3D ë cökpiny në kä thiik tɔ̈ në akut dïït yic, ku luui kë tueŋ de 15Å yenë käŋ thɔ̈ɔ̈ŋ bï të yenë käŋ liääp thïn kum, ku juak 6 pixels ke thök kɔ̈c, ku thök luɔi de pixels bï Gatan K2 thök de luɔi de Mo. Në këde kä cï yök ke RC-LH114-W, löŋ tueŋ kën acï cɔ̈kpiny në nyaai de kä ril yiic tɔ̈u në thök de kë yenë kɔc nhïïm kum (cï keek nyaai tën kä ril yiic tɔ̈u në UCSF Chimera yic). Kä cï bɛ̈n bei thïn (kä cï röt looi ke RC-LH114-W ku RC-LH116 aye 3.91 ku 4.16 Å, në tök) aye keek luɔ̈ɔ̈i ke ye kën yenë käŋ tïŋ në thëm de rou de tɛ̈ŋ yic de 3D. Kä cï keek luɔ̈ɔ̈i aye keek määt yiic në 3D class tueŋ yic ku ka cïn kä ril yiic ke thiääk kenë keek. Overlap wala ciɛ̈n kä ye tïŋ ke tɔ̈u në dhöl yic. Në thök de thök de rou de 3D, ke akut nɔŋ thëm dït apɛi acï kuany [Tënë RC-LH114-W, akut tök ee 377,703 ë thëm (44.5%), ë RC-LH116, anɔŋ akuut kaa rou ëya të cï kek thöŋ 260,752 thëm ë thëm. thök ë thëm tueŋ ke nɔŋ kë thiin wääc]. Kä cï keek kuany aye keek bɛɛr bɛ̈i bei në 400-pixel ë thëm yic ku ka ye keek looi në 3D ë thëm. Kë yenë käŋ gël ee rot looi në luɔɔi de kë yenë käŋ gël ë 15Å tɔ̈ piiny, 3 pixel ë dït de piny ku 3 pixel ë kë yenë käŋ gël. Në luɔɔi de CTF ë tök, cökpiny de cäth de kë tök ku thök de rou de CTF ë tök, 3D ë thëm, solvent masking ku thök ë luɔi aye looi të cïnë dhöl tök thök bï texture cï bɛ̈n bei thïn ŋoot ke juiir. Luɔi de FSC (Kë cë thɔ̈ŋ ë thɔ̈ŋë thɔ̈ŋë thɔ̈ŋë thɔ̈ŋë thɔ̈ŋë thɔ̈ŋë thɔ̈ŋë thɔ̈ŋë 0.143, thɔ̈ŋë thɔ̈ŋë thɔ̈ŋë thɔ̈ŋë RC-LH114-W ku RC-LH116 aye 2.65 ku 2.80Å, thɔ̈ŋden. FSC cï gölic de löŋ de akër acï nyuɔɔth në Thura 2. S17.
Käk ë thäät ë thäät ë thäät ë thäät ë thäät ë thäät ë thäät; LH1-α (PufA; ÜnïPrötïd: Q6N9L4); RC-L (PüfL; ID ÜnïPröt: Ö83005); RC-M (PüfM; ÜnïPröt ID: A0A4Z7); RC-H (PühA; ÜnïPröt ID: A0A4Z9); Prötïn-W (PufW; Ünïpröt ID: Q6N1K3). THÖŊ de SWISS (45) acï luɔ̈ɔ̈i bïnë kë thöŋ de RC looi, nɔŋic käke mïïth ke RC-L, RC-M ku RC-H ku jɔl ya tän de Rba. RC ë späëröïdës ë cë luui ë thëm ë thëm (PDB ID: 5LSE) (46). Luɔ̈ɔ̈i ë “kë ye piny nyuɔɔth” ë UCSF Chimera yic bï kë cï looi thɔ̈ɔ̈ŋ ke kë ye piny nyuɔɔth (47), bï tɔ̈c de mïïth cɔk piath, ku kën ye käŋ mat thïn [4×BChl a (rin ke kä cï döŋ ke ɣön ë kuɛ̈n = BCL), 2×BPh a (BPH), tök wala rou ke UQ10 (U10), tök cie he) 3,4-dïhïdröhëxäcärbönïlïn (QAK)] ë lëk ë Cööt (48) ë lëk. Në kë cenë QAK tɔ̈ në ɣön de kuɛ̈n yic, ke ka cï bɛ̈n ya thɔ̈ɔ̈ŋ në luɔɔi de eLBOW në PHENIX yic (49).
Në ye cök ciëën kënë yic, ke akut de LH1 acï bɛ̈n yïk. Në jɔ̈kde yic, ke adit ye ​​röt looi keepɛ̈i në PHENIX (49) aye luɔ̈ɔ̈i bïkë bak de LH1 looi yetök ke luui kë ye piny nyuɔɔth ku LH1-α ku LH1-β käke mïïth cït mɛn de kä ye keek tääu thïn. Kuany ë LH1 ë thök ë thök, ku bɛ̈ɛ̈i bei ku tääu ë Coot yic, ku tääu ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök, ku tääu ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ke yïn këc BCls kaarou tääu thïn a (BCL) ku thök ë thök (CRT) [cït mɛn tɔ̈u yen në Rps thiääk ke ye yic. Käŋ (17)]. Copy LH1 ë thök ë thök, ku luɔ̈ɔ̈i UCSF Chimera “Kë ë thök ë thök” bï thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë thök ë LH1, ku jal thök ë thök ë Coot; dhuk ë luɔi yic agut cï bï LH1 ëbɛ̈n ya thɔ̈ɔ̈ŋ. Në kë de RC-LH114-W, në mɛ̈c bei de kä cïï kek ye tɛkpiny në Coot yic, ke mïïth aye kek tek yiic në kä kɔ̈k peei cie mïïth yiic në kë yenë piny nyuɔɔth de USCF Chimera yic ku adit ke yïknhial de käŋ aye kek looi agonë ​​löŋ tueeŋ ya looi, ku jɔl ya kä thi kɔ̈k peei (mïïth-W) ye kek looi. Në Pïnïx (49). Tääu ë gɛɛr de kë cï määr tën kë cï bɛ̈n bei thïn në Coot (48), ku jal kë thiin koor looi në kɔc cin. Kë cï döŋ ke këc tek yic ee thöŋ ke mɛ̈ɛ̈t de kä ye yök në pïu yiic (PDB ID de CDL = CDL, POPC = 6PL ku POPG = PGT), β-DDM ye pïu lɔɔkic (LMT) ku UQ10 ye pïu cɔk lɔ piny (U10). Luɔ̈ɔ̈i ë PHENIX ë thëm (49) ku thëm ë käŋ në kɔc cin në Coot (48) bï löŋ tueŋ thöl agut cï löŋ de kuɛ̈n ku piath de kä ye tïŋ ke thöŋ acïï lë bï bɛɛr looi. Në thök, luɔ̈ɔ̈i LocScale (50) bï kë yenë piny nyic apuɔth, ku loi kä juëc kɔ̈k ke thööŋ de kä cï keek tɛkpiny ku kä ye röt looi keepɛ̈i ku kä ye röt looi në kɔc cin.
Kä ye tɔ̈ në pïu yiic, kä ye tɔ̈ në pïu yiic ku jɔl ya käjuëc kɔ̈k peei ye kek tääu në pïu yiic aye kek nyuɔɔth në thura 1 ku 2 yic. S18 agut cï S23. Wël ke kuɛ̈n de löŋ de akër aye nyuɔɔth në Table S1 yic.
Ke këc lueel, ke pïu ye pïu dɔm në pïu yiic aacï kek määt yiic në pïu yiic në kaam de 1 nm në kaam de 250 nm agut cï 1000 nm ku kaam de mɛ̈ɛ̈t yic de 0.1s.
Tääu ë kë cï them yic në kë yenë käŋ tääu thïn keke kueer de 2 mm tën A880 de 1, ku määt kë cï yök në kaam de 400 ku 1000 nm. Kä ye ɣoi piny aye kek kuɔ̈ɔ̈t yiic në kaam de 1 nm në kaam de 400 nm ku 950 nm në thëm de thëm de 20 nm min-1.
Kë yenë molar thou aye yök në tɛ̈ɛ̈u ë kë ril yic yic në A880 ye thɔ̈ɔ̈ŋ ke ye 50. Tääu ë 10μl në 990μl de kë ye käŋ rek wala methanol, ku määt kä ye käŋ dɔm yiic ëya dɛ̈t bï BChl cɔk thök. Kë tɔ̈u BChl tën kë cï them abɛ̈n acï yup në kën cï thou tën 771 nm de 54.8 mM-1 cm-1, ku kën cï thou acï yök (51). Tɛ̈k kë cï them de BChl në 32 (RC-LH114-W) wala 36 (RC-LH116) bï kë ril yic tɔ̈u thïn yök, ye luɔ̈ɔ̈i bïnë kë cï yök yök tën kë thöŋ cï määtiic tën kën tɔ̈u thïn. ye lɔ tueŋ. Thëm cï dhuɔ̈kpiny kaa diäk acï keek lööm tënë thëm tök, ku thëm ciɛɛl de thëm de BChl Qy dït apɛi acï luɔ̈ɔ̈i bïnë ye yup. Thɔ̈u de RC-LH114-W cï them në 878 nm ee 3280±140 mM-1 cm-1, ku thon ciin de RC-LH116 cï them në 880 nm ee 3800±30 mM-1 cm-1.
UQ10 acï thɔ̈ɔ̈ŋ cït mɛn tɔ̈u yen në (52) yic. Në wël lik yiic, ke RP-HPLC acï looi në luɔɔi de Agilent 1200 HPLC. Tääu ë 0.02 nmol de RC-LH116 wala RC-LH114-W në 50 μl de 50:50 de mɛthanöl:klöröform nɔŋic 0.02% (w/v) de klörörïd, ku tääu ë kë cï thɔ̈ɔ̈ŋ thɛɛr në Beckman Coulter Ultrasphere O 40°C ë HPLC ë pïu ë pïu (80:20 pïu ë pïu ë pïu ë pïu) ë ×25 cm ë pïu ë pïu. Luɔi de kë yenë käŋ liääp në HPLC yic ago kä ye kek lööm ya tïŋ në 275 nm (UQ10), 450 nm (kä ye lac yök) ku jɔl ya 780 nm (BChl) në thaa tökic. Kë tɔ̈ nhial në 275 nm ë thëm de thëm në minit kaa 25.5 acï mat thïn, ke cïn kä kɔ̈k ye keek yök. Të cï mat thïn aye luɔ̈ɔ̈i bïnë ciin de molar de UQ10 cï bɛ̈ibei yök ke thööŋ de thëm de thëm cï yup tënë thëm de kä puɔth ke 0 agut cï 5.8 nmol (Thiɛ̈ŋ S14). Töŋ de kä cï them aacï keek caath në käŋ kaa diäk, ku kë cï lueel ke cï wuɔ̈c acï thöŋ keke SD de kë tɔ̈u ciɛɛl.
Kë cï yök nɔŋic RC-LH1 ril yic kenë Qy dït apɛi ë 0.1 acï looi ke 30 μM cï nhom de ajɔ̈ŋkör cɔk tɔ̈u piny (Merck, UK) ku 0 agut cï 50 μMUQ2 (Merck, UK). Käŋ kaa diäk ke 1-ml aacï keek looi në thëm de UQ2 tökic ku tɛ̈ɛ̈uë keek në akɔ̈l tökic në cool yic në 4°C bïk thök de thök de cool nyuɔɔth ke këc them. Kë cï yök acï tääu në kë yenë mac tïŋ yic cï tääu në 300 nm mac/500 thäm de thëm, 1.24 mm lɔ thïn, 0.12 mm ciɛɛl ku 0.6 mm lɔ aɣeer. Kë ye käŋ dhiim ye 600 nm bäär apɛi aye tääu në ɣöt thok de kë ye nyuɔɔth de thura ku kën ye nyuɔɔth de kë ye nyuɔɔth bï ɣɛɛr ye käŋ cɔk bɔ̈ nhial nyaai. Kë ye dɔm acï tïŋ në 550 nm kenë thaar de mɛ̈ɛ̈t yic de 0.15 s. Nuur ye kɔc miɛ̈t puɔ̈ɔ̈th aye bɛ̈nbei në 880 nm M880F2 LED yic (Nur ye Nuur Bɛ̈i bei) (Nur ye Nuur Bɛ̈i bei) (Thorlabs Ltd., UK) në abïl de fiber optic yic në ciin de 90% në riɛlde yic në kë ye nuur mac (Thorlabs Ltd., UK) ku ka ye bɛ̈n bei në ɣän yenë nuur bɛ̈n thïn në 9°0. Kë ye them ee thöŋ kenë maraya bï gɛɛr de ɣɛɛr ë këc yök në kë cï them yic dhuɔ̈kciëën. Mönïtör absbërbäns 10 s pëër lïlümïnäs öf 50 s. Ku ëcï bɛ̈n ŋoot ke ye tïŋ në thɛɛr kaa 60 yiic në cool yic agonë ​​tɛ̈n yenë quinolol rot lac tääu thïn ya tïŋ (tïŋ Thura S8 në wël cï kek yök yiic).
Kä cï yök aacï keek looi në thööŋ de thëm de jɔ̈k linear në 0.5 agut cï 10 s (ye rot gɛɛi në thëm de UQ2) ku thööŋ de thëm de käŋ kaa diäk kedhie në thëm de UQ2 tökic. RC-LH1 cï yup në thök de kä cï thou acï luɔ̈ɔ̈i bïnë ciin de kä ye käŋ cɔk loi röt waar, cï looi në Tɔ̈c Pro 2019 (Tënë Lab, USA), ku tɛ̈ɛ̈uë löŋ de Michaelis-Menten bï kä ye tïŋ ke Km ku Kcat yök.
Në thëm de thëm de thëm de thëm de thëm, RC-LH1 cï them acï tääu në ~2 μM në IMAC buffer nɔŋic 50 mM de thëm de thëm (Merck, USA) ku 0.4 mM de thëm de thëm (Merck, USA). Ascorbic acid aye luɔ̈ɔ̈i ke ye kën ye käŋ gaam, ku tert-butaclofen aye luɔ̈ɔ̈i ke ye kën ye QB gël bï RC tueeŋ ye käŋ gaam ŋot ke cï tääu piny (yenë kee, cïï tɔ̈u ke cï tääu piny) në ajuɛɛr de them yic ëbɛ̈n. Agut cï 3 ml de kë them aye mat thïn tën kën ye rot wïïc cï looi (cït 0.1 m në dïtde yic, 350 RPM) keke 2 mm bɛ̈ɛ̈r kueer de daai bï nyuɔɔth lɔnadɛ̈ ke kë them tɔ̈u kueer de laser anɔŋ thaar dït bïnë kë col rot waar në kaam de pulses ke miɛt de piɔ̈u. Luɔ̈ɔ̈i ë ~100-fs ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë Ti: Ajuɛɛr ë pïu ë pïu ë pïu (Thiɛ̈k ë pïu ë pïu, USA) bï kë cï them cɔk mit puɔ̈u në 880 nm në thëm de dhukciëën de 1 kHz (20 nJ tënë NIR wala 100 nJ tënë Vis). Tɛ̈ këc wël määt yiic, ke yïn tääu kë cï them në nuur de thëm yic në minit ka 30. Tɛ̈ bï yïn yök thïn abï QA cɔk tɔ̈u ke cïï lui (alëu bï QA cɔk thök ë tök wala rou). Ku yïn lëu ba ŋic lɔn ye ajuɛɛr kënë dhuk ciëën rin cï thɛɛr juëc thök ë thök ë thök, RC abï dhuk ciëën amääth tënë luɔi de QA. Kë yenë piny tïŋ (Ajuɛɛr Apɛi, USA) acï luɔ̈ɔ̈i bï käke piny them keke thaar cï gääu de -10 agut cï 7000 ps. Luɔ̈ɔ̈i ë käke luɔi de Pinynhom (Ajuɛɛr de Käke Pinynhom, USA) bï kä cïke määt yiic nyaai, ku jal mat ku thɔ̈ɔ̈ŋë keek. Luɔ̈ɔ̈i ë këde luɔi de CarpetView (Wɛ̈r de Nuur Ltd., Lithuania) bë kä cë ke mat yiic luɔ̈i bë kä wäc ke ɣɛɛr thiääk ke kë cë riääk yök, awelë luɔ̈i luɔi ye kä juëc thɔ̈ŋ keke dhuŋnhom de kë luɔi bë thɔ̈ŋ ke rɔ̈ŋ töŋ de ɣɛɛr ë bɔ̈ nhial (Tënë Bɔ̈i, USALa).
Cït mɛn cïnë ye lueel nhial ëtënë (53), cinema de kä ye looi në mac yic nɔŋic LH1 ril yic cïn RC ku LH2 tɔ̈ në baŋ ciɛɛl acï looi. Kë cï tääu në pïu yiic acï tääu në 20 mM tris (pH 8.0) yic ku ka cï bɛ̈n tääu në kë yenë käŋ tääu në pïu yiic ke nɔŋ dhöl yenë käŋ tïŋ në 2 mm. Ajuɛɛr 30nJ acï luɔ̈ɔ̈i bï kë cï them cɔk bɔ̈ nhial në 540 nm keke thaar cï gääu -10 agut cï 7000 ps. Luɔi de wël cï keek määt yiic cït mɛn cïnë keek lueel në Rps. pal thëm.
Kë cï yök thïn acï tääu në 150,000 RCF yic në thɛɛr kaa 2 në 4°C, ku kën cï yök në 880 nm acï bɛɛr tääu në 20 mM tris-HCl (pH 8.0) ku 200 mM NaCl. Tääu ë pïu ë pïu yiic në 2% (w/v) β-DDM yic në thaa 1 në pïu yiic në 4°C. Kë cï them acï liääp në 100 mM pïu yiic (pH 8.0) (TEAB; Merck, UK) agut cï pïu cï liääp ke 2.5 mg ml-1 (Cɛɛth Bio-Rad). Ku ëcï thök ë luɔi ë dhöl cï gɔ̈t wënthɛɛr (54), jɔɔk në thök ë 50 μg ë mïïth ë 50 μl ë TEAB nɔŋic 1% (w/v) ë mïïth ë thäät (Merck, UK). Të cïnë 60 s thök, ke ka cï bɛ̈n dhuɔ̈kciɛ̈ɛ̈n në 5 mM tris (2-carboxyethyl) phosphine (Merck, UK) në 37°C në minit ka 30. For S-alkylation, incubate the sample with 10 mM methyl S-methylthiomethanesulfonate (Merck, UK) and add it from a 200 mM isopropanol stock solution for 10 minutes at room temperature. Aciëŋ de pïu ë pïu yiic acï looi në tɛ̈ɛ̈u ë 2 μg ë pïu yiic ë pïu yiic (Promega UK) ku tɛ̈ɛ̈u ë pïu yiic në 37°C në thɛɛr kaa 3. Kë cï yök në pïu yiic acï bɛ̈ibei në tɛ̈ɛ̈u ë 50 μl ë pïu yiic ku 10 μl ë 10% (v/v) LC thëm ë pïu yiic (TFA; Käk ë pïu yiic, UK) ku pïu ë pïu yiic ë 60 s. Tɛ̈k-tɛ̈k de tɛ̈ɛ̈k de käŋ acï looi në tɛ̈ɛ̈k de käŋ në 15,700 RCF në minit ka 5. Cï të cenë ye luɛɛl thïn në lööŋ ke kɔc ëke cak yen yiic, ke C18 yenë käŋ wïïc (C18) acï bɛ̈n ya luui në yen agonë ​​kä tɔ̈ piiny ya nyaai ku bïk ya tɔ̈ në pïu yiic. Ke cï riɛl në kë cïn yic aliir, kë cï them acï liääp në 0.5% TFA ku 3% acetonitrile, ku 500 ng acï caath në kën ye cath RP cï mat keke kën ye käŋ them ke luui käke ajuɛɛr cï keek lueel wënthɛɛr.
Luɔ̈ɔ̈i ë MaxQuant v.1.5.3.30 (56) tënë yök de mïïth ku thëm de käŋ bï Rps kɔɔr. kä ye yök në pïu yiic (www. Kä cï kek yök ke käjuëc ke käjuëc ke guöp acï kek ya tääu në akut de PRIDE yic në ɣän yenë kek tɔ̈ɔ̈u thïn (http://käm yiic.org) në kë yenë käŋ ŋic yiic cɔl PXD020402.
Tënë bï yen ya caath në RPLC cï mat kenë käjuëc ye kek tääu në mac yic, ke RC-LH1 acï bɛ̈n guiir në Rps yiic. Në luɔɔi de dhöl cï gɔ̈t wënthɛɛr (16), ke mïïth cï kek cak në mïïth yiic aye 2 mg ml-1 në 20 mM Hepes (pH 7.8), 100 mM NaCl ku 0.03% (w/v) β- (Cɛɛth de Bio-Rad) ) DDM. Cït mɛn tɔ̈u yen në lööŋ ke kɔc ë ke loi yeen, luɔ̈ɔ̈i ë 2D ë thëm de pïu (GE Healthcare, USA) bï 10 μg de mïïth ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu. Kä thiik kaa dhiëc aacï keek caath në RPLC (Dionex RSLC) cï mat kenë kä juëc ke thëm (Maxis UHR-TOF, Bruker). Luɔ̈ɔ̈i MabPac 1.2×100 mm thëm (Thërmö Fisher Scientïfic, UK) bï tɛ̈ɛ̈kic në 60°C ku 100μlmin -1, kenë thëm de 85% (v / v) kë ye liääp A [0.1% (v / v) FA ku 0.02% (V/v) kë ye liääp B5 [0.1%(v/v) FA ku 0.02%(v/v) në 90%(v/v) ë TFA ë thäät yiic] Luɔɔi de thäät ë thäät ë thäät ë thäät ë thäät ë thäät ë thäät ë 60, kën ë thäät ë thäät ë thäät ë 100 agut cï 2750 m/z (thööŋ-ë-thäät ë thäät). Kenë kuɔɔny de ExPASy käke wël ke käke pinynhom ke käke yök de käŋ cï yök (wb.expasy.org/yökpept/), nyuɔɔthë kä juëc ke käke pinynhom tënë kä thiik ke kä ril yiic.
Kä cï kek yök aacï kek ya cil në thɛɛr kaa 72 yiic në 100 ml NF-tɔ̈ piiny (10μMm-2 s-1), ciɛɛl (30μMm-2 s-1) ka dït (300μMm-2 s-1) ë ɣɛɛr. M22 ë thäät (M22 ë thäät wën yenë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu) në 100 ml ë pïu ë pïu ë pïu ë pïu (23). Në thɛɛr kaa dhiëc ke 30-s, ke 0.1 de kä thiik ke glass aacï keek tääu në ciin de 1:1 bïk kä cï röt looi ya tɛ̈ɛ̈k yiic ku bï kek ya tääu në pïu yiic në minit ka 5 yiic. Kä cïï röt ye lac liääp, kä cïï röt ye riɔ̈ɔ̈k ku jɔl ya kä cï kek tääu në glass yiic aacï kek ya nyaai në 16,000 RCF në minit ka 10 yiic në kë yenë käŋ tääu në thöny kɔ̈u. Kë cï tääu në pïu yiic acï tek yic në Ti 70.1 ë pïu yiic kenë 100,000 RCF në 20 mM tris-HCl (pH 8.0) kenë 40/15% (w/w) ë pïu yiic në thɛɛr kaa 10 yiic.
Cït mɛn cïnë ye lueel në luɔida yic thɛɛr, gël de guɔ̈p de PufW (16). Në wël lik yiic, ke kë cï juiir yic (11.8 nM) ka kë cï juiir yic nɔŋic kë thöŋ de RC (ye yök në kë yenë aliir nyaai në kë cï wuɔ̈ɔ̈c yic ku thöŋ kenë kë cï tääu në gel cï riääk yic) në 2x SDS cï tääu thïn (Merck, UK) cï tääu në pïu yiic në door yiic kaarou. Kä ye cam aacï kek ya tek thook në ciin de 12% de bis-tris NuPage gel (Kë ye cɔl Thermo Fisher Scientific, në UK). Gel acï tääu në kë ye cɔl Coomassie Brilliant Blue (Bio-Rad, UK) bï RC-L ya tääu thïn ku bï ya tïŋ. Kä ye cam në gel de rou yic aacï kek ya lɛɛr në pïu yiic (PVDF) agonë ​​kek ya them agonë ​​kek ya them. 150 mM NaCl (pH 7.6), 150 mM NaCl, 0.2% (v / v) Tween-20 ku 5% (w / v) ë pïu cï tääu ë pïu yiic, ku ka cï keek tääu në pïu yiic ë pïu yiic, ku ka cï keek tääu në pïu yiic ë pïu yiic. 7.6), 150 mM Näcl änd 0.05% (v/v) Twën-20] ïn 1:1000 A190-114A, Bëthïl Läbörätörïs, USA) för 4 hörs. Na cï lɔ̈c në thɛɛr kaa 3 në minit ka 5 yiic në pïu yiic, ke pïu cï keek tääu në pïu yiic aacï keek mat kenë pïu yiic (Sigma-Aldrich, UK) pïu yiic (cï liääp në 1:10,000 në pïu yiic) (Cïänägën, Ëtälï) ku Amërsäm Ämëgër 600 (GE Pialguöp, UK).
Në thuɔ̈ɔ̈r de riɛl de tɛ̈ɛ̈k de gɛɛr de kë cï riääk wala dhöl de thëm de kä ye guɔ̈p gël, mat ɣän tɔ̈u nhial ku yup thëm de riɛl de RC-L (kä cï riääk) ku Protein-W (kë cï riääk), në ThuraJ (57) Luɔɔi de thura. Käke thööŋë aacï keek waar yiic tën thööŋë molar ke thööŋë lɔnadɛ̈ ke thööŋë RC-L tën kä ye cam-W tën RC-LH114-W puɔth apɛi aye 1:1 ku thööŋë kä cï yök kedhie cït mɛn tɔ̈u yen thïn.
Të wïc yïn käŋ juëc kɔ̈k ë athör kënë yic, ka yï tïŋ http://advances.sciencemag.org/cgi/content/full/7/3/eabe2631/DC1.
Yen ee athör ë yök ë ɣöt thok cï tɛkpiny në lööŋ ke Ɣön ë Löŋ de Käk ë Cäŋ. Athör acï luɔɔi, tekpiny de käŋ, ku gɛ̈tpiny në gɛɛr de kueer yic puɔ̈l të cïnë luɔɔi thɛɛr lueel apuɔth.
Tïŋ: Ɣok a wïc yïn ba athör duɔ̈ɔ̈n ë gɛ̈tgɛ̈t tääu-pïny rin bï raan ë gɛ̈tgɛ̈tdu tääu-pïny ŋic lɔn wïc yïn keek bïk gɛ̈tgɛ̈t tïŋ ku lɔn cie gɛ̈tgɛ̈t ë gɛ̈tgɛ̈t. Wek aacïï bï lööŋ ke email dɔm.
Kë thiëc kënë aye looi bï yïn them lɔn yïn ee raan ë yök ku gël ë thäät ë thäät ë thäät.
Dëbït J. K. Swänsbëry, Park Qian, Pïlip J. Jäkthön, Kaitlïn M. Färïëth, Därïuth M. Nïedzwïdkï, Lïbäthëth C. Märtïn, Dëbït A. Farmär, Lörnë A. Mälönë, Rëbɛcka F. Thömpthön, Nïl A. Ranthön, Däniël P. Känïfë, Märk J. Dïckman, Dëwëy Kicïckë Höltën.
Kë dït apɛi yenë mac dɔm 1 ril yic apɛi në ɣän yenë käŋ röt looi thïn ee kä yam ke quinone bɛ̈i.
Dëbït J. K. Swänsbëry, Park Qian, Pïlip J. Jäkthön, Kaitlïn M. Färïëth, Därïuth M. Nïedzwïdkï, Lïbäthëth C. Märtïn, Dëbït A. Farmär, Lörnë A. Mälönë, Rëbɛcka F. Thömpthön, Nïl A. Ranthön, Däniël P. Känïfë, Märk J. Dïckman, Dëwëy Kicïckë Höltën.
Kë dït apɛi yenë mac dɔm 1 ril yic apɛi në ɣän yenë käŋ röt looi thïn ee kä yam ke quinone bɛ̈i.
©2021 Akutnhom de Kɔc ke Amɛrika de Luɔɔi de Käke Nyic. lööŋ kedhiɛ aacï keek tɔ̈ɔ̈u. AAAS ee partner de HINARÏ, AGORA, OARË, CHORUS, CLOCKSS, CROSSREF AND COUNTER. Lɔtueŋ de Nyïc ISSN 2375-2548.